کاوش های باستان شناسی نشان می دهد که بنای این مسجد بر روی عبادتگاه قدیمی قرار گرفته است . اما به علت محدودیت در کاوش ها، مشخص نیست که این عبادتگاه دقیقا متعلق به کدام دوره است . اما این واضح است که طرح مسجد جامع عتیق از الگویی ماقبل خود بهره برده است
مسجد جامع عتیق شیراز،کهنترین و نخستین مسجد شیراز است که به آن مسجد جمعه، مسجد الاقصی، مسجد آدینه و مسجد جامع هم میگویند.این مسجد یکی از عجیبترین مساجد است . که بنای زیرین آنرا متعلق به قبل از اسلام می دانند. این مسجد در شرق حرم شاهچراغ قرار گرفته و از داخل حیاط شاهچراغ و از طریق بازار نوساز، راهی به آن وجود دارد.
گفته میشود این مسجد در دوره بیست ساله سلطنت عمر و لیث صفاری در سال ۲۸۱هـ .ق ساخته شده است. در طی هزار سال اخیر این مسجد چندین بار، از جمله در زمان اتابکان، در زمان سلطان ابراهیم میرزا پسر شاهرخ گورکانی، در دوره صفویه و در سال ۱۳۱۵ توسط عدهای از مردم و با همکاری اداره باستانشناسی تعمیر و بازسازی شده است. مسجد جامع عتیق هم اکنون به عنوان مسجدی تاریخی و آباد مطرح است.
